幼时曾深陷绝望深渊的直枝理树，与4位少年少女相遇了。　　在那之后数年，理树作为Little Busters的一员，喧闹地过着快乐的每一天。　　这样的时间能够一直持续就好了。理树所期望的只有这样。　　某日，恭介突然表示要成立一支棒球队伍，　　理树则开始了寻找成员的任务。　　在这样的过程中，理树邂逅了新的成员们。　　和大家一起参加试胆大会，潜入女生宿舍时被换上女装，一起演人偶剧……。　　经历了许多快乐的事情，　　同时也在大家的帮助下解决了各自拥有的烦恼。　　最后在棒球比赛中，理树确认了和最好的朋友们之间的牵绊。　　——然而，这并不是结束。　　和来谷唯湖之间的故事。　　理树与铃的故事。　　以及，理树和铃终于知晓的“世界的秘密”。　　Little Busters真正的物语，自此开始——。

　　有 230 万人口，其中八成人口为学生的「学园都市」，是比其他地区科技更为先进，并从事「超能力开发」的特殊地区。而整座学园都市中仅有七人的等级 5 超能力者之一御坂美琴，由于她的能力与个性使然，因而被卷入了学园都市中所发生的种种事件……

　　五百川唐汰（藤村歩 配音）自幼丧母，幼小懂事的她与唯一的亲人哥哥五百川寻（日野聪 配音）生活在一起。为了不给哥哥添麻烦，唐汰最大的心愿就是能够快快的长大，成为一个独立自主的少女。另一边，作为寻的前女友，野上椒子（伊藤静 配音）一直都无法接受分手的现实。单纯的她常常祈求能够回到过去，再一次的于寻相遇，从而改变未来。　　不知是不是天神听到了她们的愿望，唐汰居然和在偶然间遇到的椒子互换了身体！在震惊之余，得知真相的寻决定开始三人共同的生活。唐汰的失踪让一直喜欢唐汰的网野彻允（野村胜人 配音）担心不已，他决定独自踏上寻找唐汰的路途。这四人间纠葛复杂的关系会迎来怎样的结局呢？

　　位于东京西部的巨大“学园都市”。在总人口达230万人，其中约8成是学生的这座都市中，实施着超能力开发的特殊课程，学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。　　高中生上条当麻，也是住在学园都市的学生之一。他由于隐藏在右手中的力量——只要是异能之力，就连神的加护都能消除的“幻想杀手Imagine Breaker”，而被评价为名落孙山的“无能力”，过着充满不幸的人生。　　而上条的学生生活，由于暑假开始时从天而降的纯白修女而发生了巨大的变化。自从与逃离“魔法”世界的她——“禁书目录茵蒂克丝”相遇开始，上条就被卷入了各种各样的事件中。统率学园都市的“科学”方、与茵蒂克丝关联的“魔法”方，在惊险地解决双方事件的过程中，他的人际关系也逐步扩展。之后，魔法一方的十字教最大宗派罗马正教，终于注意到上条的存在……。　　如同呼应魔法方一般，科学方的学园都市也有所动作。但也有与逐渐开始对立的世界动向抗争的人不断出现。那些通过与上条有所关联，而使命运大为改变的“英雄”们。　　他们挺身而出与世界对峙。如同上条当麻做过的那样。　　科学与魔法第三次交织之时，故事将大幅推进！！

　　这个世界里，人类被视为劣等种。冒险者小队「种族会」中负责扛行李的人类少年‧莱特，在世界最凶险的迷宫「奈落」深处遭伙伴放逐，甚至想取他性命。　　为了在「奈落」活下去，莱特自暴自弃地用了唯一的技能《无限扭蛋》，结果竟召唤出强大无比、「等级9999」的伙伴们──！　　之后过了三年，莱特自己也升到了等级9999。带着对自己忠心耿耿又怀有好感的美少女们（而且所有人都是等级9999），他以压倒性的力量开始进军地上!!

这个世界里，人类被视为劣等种。冒险者小队「种族会」中负责扛行李的人类少年‧莱特，在世界最凶险的迷宫「奈落」深处遭伙伴放逐，甚至想取他性命。 为了在「奈落」活下去，莱特自暴自弃地用了唯一的技能《无限扭蛋》，结果竟召唤出强大无比、「等级9999」的伙伴们──！ 之后过了三年，莱特自己也升到了等级9999。带着对自己忠心耿耿又怀有好感的美少女们（而且所有人都是等级9999），他以压倒性的力量开始进军地上!!

这个世界里，人类被视为劣等种。冒险者小队「种族会」中负责扛行李的人类少年‧莱特，在世界最凶险的迷宫「奈落」深处遭伙伴放逐，甚至想取他性命。                                                                    　　为了在「奈落」活下去，莱特自暴自弃地用了唯一的技能《无限扭蛋》，结果竟召唤出强大无比、「等级9999」的伙伴们──！                                                                    　　之后过了三年，莱特自己也升到了等级9999。带着对自己忠心耿耿又怀有好感的美少女们（而且所有人都是等级9999），他以压倒性的力量开始进军地上!!

　　这一天，个性温柔的美少女万城目富美（高部爱 配音）即将开始崭新的高中的生活，此时，一个熟悉的身影出现在了她的视线中。名叫奥平明（仪部ゆう子 配音）的女孩，竟是富美分别了近十年的青梅竹马。这意外的相遇为久违的两人带来了小小的惊喜和快乐，而富美对小明的感情，也在相处的时日中渐渐明朗。爱哭的富美和活泼好动的小明，这一对性格迥异的好友能够终成眷属吗？　　同时，在外表成熟的井汲京子（堀江由衣 配音）的心中，学姐衫本恭己（石松千惠美 配音）的影子始终萦绕不散。在这所女子学校中，女孩子之间的感情，就像春天的野花，一点点的，逐渐的覆盖了荒芜的山脊。

　　“韦驮天” × “魔族” × “人类”，世人无从知晓的禁断大逃杀现在开始——　　经过一番壮烈的战斗，以压倒性的速度与强大而自豪的战斗诸神“韦驮天”封印了导致世界毁灭的“魔族”，自那以后过了800年。如今，“那场战斗”不过是遥远神话当中的传说故事而已。从出生起一次都没有战斗过的“平稳世代的韦驮天们”享受着安逸的生活，此时不知何人让魔族从漫长的沉睡当中再度复活了——武力、智略、政治、阴谋，总之只要是能用上的东西不论什么都拿出来吧！无规则＆无限制的三方大逃杀现在开始！！

剧中描述木幡真琴是一个15岁的魔女，她带着黑猫、搭着火车从横滨来到日本东北地区的青森，开始进行魔女的修练。她住进了远房亲戚仓本圭、仓本千夏这一对兄妹的家，也转学到当地的高中，开始在这座青森小镇里展开全新的生活。即使她现在的程度只能坐着竹扫帚飞上天，但还是很努力地学习魔法。于是，一段看似非日常的温馨日常生活冒险就此展开。