东京郊外的繁华街，有一家特别的店——「护士小酒馆凡尔赛」。这里的客人多为需要护理的老人，店里既有量血压、康复训练，也有点滴和特制啤酒。店主上杉玛丽绘（宫崎美子 饰）与护士、护理师们一同，用关怀与温暖守护每位客人。最神秘的是“魔法红酒”，喝下便能在梦中与最想见的人重逢。生命的最后时光，也能在凡尔赛中绽放笑颜。

在未知生命体全部被消灭后的两年，人类迎来了短暂的和平。但海滩上突然出现的神秘欧帕兹，打破了这一和平。城市中再度出现了人类离奇死亡的案件，这次残杀人们的凶手是新的敌人——不明物体。它们拥有着人类无法匹敌的神秘力量，就连专门为之成立的G3小队也对它们毫无办法。失去记忆的开朗少年津上翔一，暂住在美杉教授家中，与美杉教授的侄女风谷真鱼、儿子美杉太一一起生活。但隐藏在翔一天真笑容背后的，其实是神秘的英雄——假面骑士亚极陀。每当不明物体出现残杀人类时，他便会受到感应前去消灭它们。愈发强大的不明物体、津上翔一过去的记忆以及从欧帕兹中诞生的神秘黑衣少年，它们之间有着什么样的联系呢？一切的真相又是什么？