《仁医2》完结篇延续前篇剧情，历史依旧向着既定方向有条不紊的前行，更多耳熟能详的历史角色悉数登场。南方仁（大泽隆夫 饰）以大夫的身份在江户时代生存了下来，所开设的医馆仁友堂亦步入正轨。一天他得知橘咲（绫濑遥 饰）的母亲患了当时普遍的脚气病，由此决意制作并普及可治愈该病的点心。与此同时，坂本龙马（内野圣阳 饰）出现在仁面前请求帮助。仁随龙马来到京都救治胜海舟的师父佐久间象山，竟从苏醒的后者口中得知了惊人的往事……禁门之变后京都满目疮痍，原本留下救人的仁被新撰组带至萨摩藩救治西乡隆盛。此后，坂本龙马牵线西乡隆盛与长州藩，促成萨长同盟。　　亲历着幕末日本局势的陡然巨变，仁对自己之于这个时代意义有了崭新的认识。在不远的未来，他将重新邂逅寻找新生活的野风（中谷美纪 饰），前篇中围绕在他们周身的谜团亦将逐一得到解答。

在远离东京的一个山村住着平凡的真柴一家人。爷爷真柴明示（杉浦直树饰）在村里的天文台工作。爸爸真柴彻生（竹中直人饰）是一名出租车司机，梦想有一天能成为赛车手。妈妈真柴由美（原田美枝子饰）温柔贤惠，一直默默的操持家中的所有家务。四个孩子长女真柴美智留（绫濑遥饰）、长子真柴豪（市原隼人饰）、次子真柴幌（神木隆之介饰）和小女儿真柴呗（松本梨菜饰）都在幸福健康地成长着。