经验丰富稳重可靠的贤狼赫萝（小清水亚美 配音）遇见了孤身一人独自旅行的商人罗伦斯（福山润 配音），两人结为了旅伴，携手踏上充满了未知的旅程。某日，他们从教会都市出发，前往赫萝的故乡约伊兹。途中，两人来到了正在举行着盛大祭奠的城市库梅尔森，一位名叫阿马堤（千叶纱子 配音）出现在了他们的身边。　　阿马堤是一位善良热心的鱼商人，他被赫萝的活力与自信深深吸引，情不自禁坠入了情网。而罗伦斯的内心里对于赫萝也产生了微妙的感情，看着阿马堤对赫萝的热烈攻势，罗伦斯的心中不知是什么滋味，而他同赫萝也似乎陷入了一个误会之中。

　　平凡的中学生鹿目圆（悠木碧 配音）有一个美满的家庭，在生活中她是个性格温顺又有爱心的好孩子。转学生晓美焰（斋藤千和 配音）的出现打破了小圆平静的生活，这个性格酷酷又体弱多病的黑长直少女似乎对小圆有着什么难言之隐。命运中的相遇出现了，小圆在路边救下了一只浑身是伤的奇怪动物 ，没想到这只动物居然会说人类的语言。它告诉小圆它的名字叫丘比（加藤英美里 配音），并且提出了一个特殊的要求，它希望小圆能够和它签订契约成为魔法少女。　　魔法少女是这个世界中一种特殊的存在，她们肩负着和魔女战斗的使命，作为报酬，丘比可以实现她们任意的一个愿望。在战斗的过程中，小圆发现魔法少女这个职业并非故事里所描绘的那么美好，随时有着牺牲的可能。并且，随着战斗的升级，一个关乎于她自己的残酷真相正在逐步的浮出水面。

　　“强殖装甲”是数万年以前降临地球的外星人留下的超生体兵器，平凡的高中生深町晶偶然间得到卡巴，他的同校学长卷岛颚人则得到了另一套。因此成为了秘密组织克诺斯狙击的对象。此后，二人将要面对神秘组织克诺斯所派出兽化兵的追杀。渐渐的，关系到人类起源与未来的秘密变得清晰起来……

　　故事发生在1928年的美国，蓬勃的经济发展带来的不仅仅是更好的生活，一些肉眼无法看见的邪恶也在暗中滋生着。罗塞特（川上友子 配音）是马格达拉修道院的修女，同时，她也是一名怪物猎人。为了获得力量，罗塞特与恶魔克罗诺（石田彰 配音）结下了“怀表契约”，他通过吸食罗塞特的生命来维持自己的形象，在战斗时，更是能以生命为养料发挥出超强的战斗力。　　罗塞特明白自己命不久矣，但她有一个心结必须在死前解开，那就是她的弟弟约书亚（皆川纯子 配音）。一次意外中，约书亚和罗塞特被迫分离，而这些年来罗塞特一直都在寻找弟弟的踪迹，她能在死前与弟弟重逢吗？就在罗塞特为了亲情奔波的同时，克罗诺的内心也进行着痛苦的挣扎。

　　公元2010年。全球规模的“超级飓风”使世界各国遭受了巨大的损失。已经膨胀到80亿的人口一下子减少了50亿，变成了30亿。经济和军事的均衡随之崩溃了。　　北美、俄罗斯、北欧被冰雪覆盖，平原地区沉入大海，世界地图突变，混沌时代来临了。日本政府在各地建立经济特区，获得了一定的复兴。预先开发的“力量辅助”技术为复兴作出了巨大贡献。但是，特区以外的地区，贫困不断加剧，贫民区不断扩大。统治阶级自称为“Logos”，将“力量辅助”技术转而用于军事。他们将贫困阶级称为“Levinas(孤立者)”，排斥他们。　　时光流逝，公元2035年。　　脱离了为监视“Levinas”，镇压“Logos”内部的叛乱分子而组成的特殊部队“幻影”的主人公葛城丈与伙伴鹤泽，与神秘的少女登戸沙那巧遇。围绕着沙那，各种人的思虑纷繁缠绕，故事向前发展。他们3个人前进的方向上，究竟有什么......

　　故事讲述了在L.C.922年，人们正在面对空前的危机。在神话世界的百年战争终结后，败下阵来的魔神们为了在地上寻求新的安居之处，向人类世界袭来。背负着守护街区宿命的警察特殊机关ALCA，旗下年轻的定理者们被强制与拥有特殊能力的异世界女神们合体，进而投身战场之中。

暂无剧情

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　　この世とあの世の間、三途の川に棲む妖怪、外道衆。代々外道衆と戦ってきた侍・志葉家の当主、シンケンレッドこと志葉丈瑠は、日々外道衆の尖兵・ナナシ連中と戦いを繰り広げていた。外道衆の更なる侵攻の気配を感じ取った志葉家の従者・日下部彦馬は、丈瑠に対し外道衆と戦うための家臣を集めることを進言するが、丈瑠は現代の世に殿様として他者の上に立つことへの不快感から、これを拒絶する。　　そんなある日、ついに外道衆の幹部たちが目覚め、この世への本格的な襲撃が始まる。機が熟したと見た彦馬は、独断で志葉家家臣が育て上げた4人の若者を招集。丈瑠も渋々ながら彼らを仲間にすることを承諾し、シンケンジャーと外道衆の永き戦いが始まった。

　　抱持着帮助他人而化身魔法少女，与此同时却必须背负着残酷的命运。在接二连三的战斗中，善良的美树沙耶加（喜多村英梨 配音）彻底耗尽自己的生命。当她的尸体被晓美焰（斋藤千和 配音）和佐仓杏子（野中蓝 配音）带回时，令她的好友鹿目圆（悠木碧 配音）感受到前所未有的悲伤与痛苦。而从丘比（加藤英美里 配音）那里听说到魔法少女的宿命之说，不禁让她受到前所未有的触动。在杏子的建议下，小圆决定救助沙耶加，而她们即将与最强的魔女之夜（水桥香织 配音）碰面。有关魔女的前途与生命，她们走上一条凶险非常的道路……　　本片为魔法少女的剧场版，分三部上映，由TV版12话重新编集而成。