故事發生在被選召的孩子們首次接觸數碼世界的6年後。2005年的一天，東京港區海面上的波浪在朝陽下搖曳……17歲的高中生八神太一，如常地用手按停眼前的鬧鐘，踢開混亂的被鋪，低聲滴咕下伸展四肢。拉開了窗簾，光線照到桌上一幅「那一天」的集體照上。隨後他在「一路順風，哥哥」的送別聲下，騎上腳踏車出門，奔向那片初夏的青空……現在，冒險再度進化……

　　太一等人因为狮子兽的死产生了动摇，而光子郎则提议找出缅因猫兽被感染的真相。但作为缅因猫兽主人的芽心却想不到为何缅因猫兽会被感染。　　为了防止其他数码宝贝被感染，光子郎在办公室建立了隔离区，然而巴达兽却已经出现了被感染的征兆……此时，数码宝贝们告知了大家一个有关数码宝贝世界的重大秘密。面对秘密的真相以及再度出现的缅因猫兽，太一等人陷入了苦恼当中，而在各自的想法碰撞中，他们也做出了自己的决断……“如果总是想着总有一天会怎么样的话，那么就不知不觉要成为大人了哦。”现在，冒险再度进化。

　　缅因猫兽的暴走，以及由此引发的重启。　　留下苦恼的芽心，太一等人前往数码世界。　　重逢的搭档数码宝贝们，失去了至今为止的全部记忆。　　即使如此也为了再次筑起羁绊，而伸出手去的被选召的孩子们，与回应此的数码宝贝们。　　但，唯有比丘兽即使进化为成长期，也依然表现出警戒……　　“所以说过去的事情我不知道啦！”　　面对比起自己更加优先关心他人的空的好意，比丘兽反而抱持着不信任感。　　对于因受伤而久久伫立的空，太一和大和找不到能对她说的话语。　　接下来，应该在数码世界做些什么才好——　　在商谈此事的众人面前，缅因猫兽突然现身，之后又消失了。他不知为何残留着原先的记忆，寻找着芽心，含泪彷徨着——　　看到这副景象，孩子们为了拯救缅因猫兽而对数码世界之旅下定了决心。但，他们的面前却出现了那个驱使黑暗四天王的男人的身影。　　此时，现实世界的西岛收到了姬川失踪的报告。　　调查此事的他，查出了姬川至今为止的行动背后隐藏着某个目的。　　此事还关联着决定了两人命运的过去的某件事……

　　看到搭档望月芽心被有着玄内样貌的神秘男人所伤，　　缅因猫兽再度开始暴走。　　“不能让你诞生在世上…”　　从现实世界消失的缅因猫兽，正是歪曲本身。是拥有过于巨大力量的，毁灭世界的钥匙——　　西岛大吾以及出现在望月博士之处的黑客兽，逐渐解明真相。　　保证世界调和的恒常性将现在变得过于强大的缅因猫兽视为危险，而要将其切除。　　随着暴走的缅因猫兽的出现，现实世界开始进入毁灭前的倒计时。　　其所波及的地点接连发生异变。因歪曲而现身的数码宝贝们，等待着那一时刻的来临——　　被选召的孩子们，受到异常的数码世界排斥，返回现实世界，　　却因为与搭档数码宝贝在一起而遭到人们的追赶。众人陷入孤立无援却仍然拼命地寻求对策，与此同时芽心独自一人持续烦恼着。　　同伴和数码宝贝的声音，都传达不到因背负过大的负担而遭受打击的她心中…　　之后，残酷的命运，甚至逼近了灵魂比任何人都率直纤细的八神光身边——

　　世界的崩溃开始了。　　暴走的大缅因猫兽吸收了黑暗进化的迪路兽、　　用强大的力量进化成了秩序兽。　　根据世界树的想法，现实世界将被数码世界所吞噬。　　在绝望迫近的时候，被选中的孩子们拼命地向前。　　现在太一不在了，能代替他带队的只有大 和。　　「为了拯救世界，我们还有必须要做的事情！」　　加布兽的话给大和带来了活力，而亚古兽则坚信太一定会回来。　　另一方面，恒常性要处置失去控制的秩序兽、　　并尝试施行干涉现实世界的最终计划。　　为了阻止毁灭的到来，被选召的孩子们和他们的搭档拼命地战斗。　　「所有的光芒，都汇聚在了缅因猫兽…」　　绝望的迪路兽向大家说到。　　孩子们做出最后决定的时候到了。　　被选中的孩子们，自己将选择怎样的未来？　　现在，冒险将再一次进化。

　　曾经是顶级职业杀手的托雷（近藤隆 配音），因为心爱的女人水无月沙耶（丰口惠美 配音）之死金盆洗手。如今，他只是一个默默无闻的赏金猎手，但他“不详的黑猫”的名号在黑道中依然被口口相传。在搭档史恩（藤原启治 配音）和同伴兼对手林斯雷科（野上尤加奈 配音）的帮助下，托雷的隐退生活过得平淡而充实。一次行动中，托雷救下了生化人伊芙（福圆美里 配音），伊芙凭借超强战斗力和治疗能力成为了托雷的得力助手。　　爱人的死让托雷明白，与其对仇恨念念不忘，认真平安的度过余生才是真确的选择。托雷不愿复仇，但敌人却不放过他。接连的几起事件使得托雷最大的敌人库利德（三木真一郎 配音）浮出水面，一群被称为使徒的敌人让朋友们的性命也受到了威胁。此时，托雷只得重新拿起武器，为了不再失去所爱的人而战斗。

　　喧嚣嘈杂的东京，都市人为了生计奔波劳碌，承受着巨大的压力，当一切逼近极限时，悲剧不可避免地上演。　　美丽安静的鹭月子凭借小狗娃娃麻露美成为炙手可热的设计师，与此同时她也遭遇来自同行的妒嫉以及下一次创作的瓶颈。在一次夜归途中，月子受伤住院，她声称遭到一名手持弯曲金属球棍、脚蹬黄金滑轮的少年的袭击。在此之后，“球棍少年”的袭击案件不断发生，警官猪狩和马庭介入调查，发现受害者在遇袭前大都承受着巨大的压力。不久，“球棍少年”落网，看似一切终于要告一段落，然而整个事态却朝着更加糟糕的方向发展。社会上遇袭事件越来越多，“球棍少年”也成为令人费解的谜团……

　　1999年，由于数码世界资料异常增生，导致数码世界和现实世界的连接发生紊乱。地球上相应地出现奇怪的自然现象：东南亚没有下雨，池塘全部干涸；中东却因为连场大雨发生洪水；美国则遇到有史以来最寒冷的冬天。　　11岁的少年八神太一（藤田淑子 配音），和伙伴石田大和（风间勇刀 配音）、武之内空（水谷优子 配音）、泉光子郎（天神有海 配音）、太刀川美美（前田爱 配音）、城户丈（菊池正美 配音）、高石武（小西寛子 配音）一起参加了夏令营，一次意外却被神秘地送到了一个多彩的数码世界。在那里，他们得到了叫做“数码宝贝”的搭档。进入数码世界后，八神太一一行人遇到了凶恶的怪兽贝壳兽，眼看大家都要被抓住的时候，太一的亚古兽忽然进化成为暴龙兽，拯救了他们。进化到底是怎么回事情？数码世界究竟是什么？无数的谜团出现在被召选的小朋友们面前，精彩的冒险就这样开始了……

　　遥远的未来，人类散布到宇宙各处，建立了繁荣的文明，名为「EDEN」。但是在600年前突然发生的不明灾害时空震毁掉了这一切，失去了超光速航行、超光速通信等高科技的宇宙进入了人类文明的「黑暗时代」。　　而后到了400年前，「白月」出现在行星「特兰斯巴尔」上空，住在白之月的「月之圣母」将 「遗失文明」中对人类有益的技术称为「天惠」教导给人们，也因此建立了特兰斯巴尔皇国。特兰斯巴尔历100年左右，人类得到了制造宇宙船的能力，此后开拓宇宙的一百年间，支配了128个星系，确立了不败王朝的地位。　　在某个看来很普通的边境警备舰队下，有一支直属于月之圣母的特殊部队「天使队」。这支由女性组成的特殊部队，驾驶着遗失文明的结晶「纹章机」，专门负责在银河各地搜寻远古的科技遗迹，加以回收管理。