本作承接《奥特银河格斗2：巨大阴谋》，讲述奥特英雄们与阿布索留特人之间惊动银河的命运之战。　　同时新的奥特战士——雷古洛思奥特曼和阿布索留特人的战士——迪亚波罗亦将登场。

　　战国时代──以恐怖来统治天下最凶最恶的武将“牙鬼幻月”。由“伊贺崎家”率领的一群忍者，经过激烈的战斗，打倒了“牙鬼幻月”。 但“牙鬼幻月”却留下了不详的预言… “444年后，我将变成妖怪复活再次以恐怖支配天下！”时光流逝—— 终结忍者“伊贺崎好天”跟复活的妖怪“牙鬼幻月”决斗，并成功将它封印。时光再次流逝到了现代──“牙鬼幻月”的封印被解除， “牙鬼幻月”的怨念生出了一批妖怪，这些妖怪们组成“牙鬼军团”， 为了让“牙鬼幻月”完全复活，妖怪们到处搜集人们的恐惧心，开始向人们展开袭击！紧急时刻，出现了5个年轻人。 他们正是伊贺崎家的末裔，也就是终结忍者・伊贺崎好天的孙子们！“当忍则忍，可不忍则不忍！” 三代同堂，用火热的“忍者心”（Nintality）以及各种异想天开的忍术来漂亮的击退妖怪！为了继承祖父的“终结忍者”这个封号，也为了阻止妖怪军团让“牙鬼幻月”复活， 他们不仅不忍，还要大肆反击！

故事讲述一名被绑架的女孩([波多拉饰])消失在了黑暗超自然宇宙中，臭名昭著的罪犯英雄(凯奇饰)被派去解救她。他们必须打破束缚他们的邪恶诅咒才能逃避统治鬼域的神秘幽灵。

　　高中生加藤胜（小野大辅 配音）和弟弟过着相依为命的生活，某日，加藤胜所在的地铁站遭到了无差别杀人犯的袭击，为了救人，加藤胜身中数刀不幸身亡，而当他再度睁开双眼之时，却发现自己完好无损的站在一个陌生的房间里，眼前是一个黑色的诡异圆球。　　和加藤胜在一起的，还有下平蕾佳（早见沙织 配音）、西丈一郎（郭智博 配音）和铃木良一（池田秀一 配音）三人，他们和加藤胜一样，都是已死之人。蕾佳告诉满头雾水的加藤胜，黑色的圆球名叫“GANTZ”，而他们所要做的，是等待圆球下达的命令。这一次，四人被传送到了大阪，他们所要面对的，是叫做“滑瓢”的怪物以及一场盛大的百鬼夜行，只有在GANTZ所规定的时间内杀掉所有的怪物，加藤胜才能够得到再次回到弟弟身边的机会。

　　新战国时代，忍者们展开着与妖怪们激烈的战斗。以战斗末了，猿飞佐助为首的5人的忍者们，在自无敌将军们三神将被给予的「封印的门」中关锁妖怪总司令和妖怪们的能源的，事上成功了。丢失能源并在人类社会融洽了的妖怪カッパは，欺骗猿飞佐助的子孙佐助和雾隐的子孙才藏，使之开了东京湾有了的封印的门。注视了祖先世世代代封印的门的血统的少女鹤姫决定与去除了封印的佐助与才藏，三好入道清海的子孙清海，并且从美国来的见雷也的子孙见雷也的4人一起，同500年前的祖先同样进行妖怪封印。一边经营绉纱衬衣铺，一边持续妖怪封印的旅行。

　　在地球的某个角落隐藏了一片神秘森林，称为“银河森林”，是一群拥有“亚斯”力量的民族所居住的地方。一日，曾被银河森林民族的人打败的宇宙海贼复活，并要报仇，所以，第133代的星兽战士同时诞生，对抗海贼，开始一次漫长之战。