最强战士贝利亚因为渴望力量偷取等离子火花塔而坠入黑暗，走上歧路的贝利亚发起了一场叛乱。最后还是奥特之王亲自出手才平定了这场叛乱，并将贝利亚打进宇宙监狱。多年以后，扎拉布星人拿着终极战斗仪在宇宙监狱救出了贝利亚。重获新生的贝利亚直接杀回光之国，以报当年被封印之仇。一场大战过后，贝利亚夺走了光之国的核心能源，最终导致奥特之星瞬间冻结。只有少数奥特战士得以成功逃离，剩下的奥特战士都被冻结在奥特之星上。梦比优斯奥特曼等少数逃出的奥特战士，肩负着光复光之国的使命。不过仅靠他们几位奥特战士的力量还不足以对抗邪恶的贝利亚，所以需要更多的力量才行。后来在对抗贝利亚的战斗中，赛文奥特曼陷入危机，其他奥特战士的情况也不容乐观。于是，赛文奥特曼发出了求救的飞镖。远在他乡修行的赛罗奥特曼，原本正在雷欧奥特曼的指导下，进行高强度训练。结果突然看到自己父亲的头镖飞了过来，在奥特之王的指引，赛罗奥特曼提前结束修行，火速赶往怪兽墓场，支援自己的父亲。

20年前，奥特兄弟为了阻止由异次元人亚布鲁怨念衍生出来的终极超兽奥特杀手萨乌鲁斯，奥特兄弟用尽了所有力量和萨乌鲁斯进行了一番苦战。最后，奥特杀手萨乌鲁斯被打败，沉入了神户港的深海。亚布鲁的怨念得以被封印，但是，奥特兄弟们也丧失了变身的能力。梦比优斯奥特曼来到地球半年后，隐约感觉到了神户的异样并独自一人去前去调查。梦比优斯奥特曼得知传说中的奥特兄弟作为人类，在神户生活着。此时，由多位外星人组成的宇宙联盟为了解开当年封印，也来到了地球。为了使沉睡在神户深海的奥特杀手萨乌鲁斯复活，宇宙联盟决定先铲除可能成为最大阻碍的梦比优斯奥特曼。光之国的佐菲向地球上的奥特兄弟们发出了奥特签名，提醒他们要小心宇宙联盟。一场正邪之间的较量再度展开......

暗黑宇宙大皇帝安培拉星人为了再次进攻奥特之星，特意打造出了一套铠甲。这套铠甲拥有相当可怕的力量，只有像安培拉星人、贝利亚奥特曼这种拥有强大黑暗力量的外星人才能穿着。穿上这套铠甲的人，实力会增幅数十倍，其他人如果穿上这套铠甲，不光不能获得力量，反而会被铠甲所控制。 安培拉星人死后，黑暗铠甲拥有属于自己的意识，在黑暗火焰（安培拉星人的宇宙船）的空间中出现。黑暗铠甲吞噬了希卡利并夺走了希卡利的意识，使希卡利变成了黑暗铠甲的傀儡，让地球再次出现了许多怪兽。 后来，梦比优斯按希卡利之前教给他的办法，在GUYS队员的帮助下，让黑暗铠甲裂开了一条缝隙，希卡利借此得以脱身。脱身后希卡利和梦比优斯直接击碎了黑暗铠甲，没想到，破碎的黑暗铠甲居然再度复活了。 一场恶战再次打响……