这部奇幻电影以一家神秘的百货商店为背景，在这家商店里，所有到访的顾客都是动物。主人公秋野是新来的门房。其中，"V.I.A."（Very Important Animals，非常重要的动物）顾客是一种已经灭绝的物种，他们都是独一无二的个体，都有一两个怪癖。无论是想要取悦多年妻子的猫头鹰、为父亲寻找礼物的海貂，还是正在考虑如何向女友求婚的日本狼，秋野都会尽力满足因各种原因光顾北极百货公司的顾客的期望。

　　季節は春。皇太子・若宮の后（きさき）を選ぶ「登殿（とうでん）の儀」が始まった。南家の姫・浜木綿（はまゆう）、西家の姫・真赭の薄（ますほのすすき）、北家の姫・白珠（しらたま）、そして病の姉に代わり急きょ登殿した東家の姫・あせび。山内の統治者・次期“金烏（きんう）”たる若宮の妻に選ばれるのは、四人のうちただ一人だけ。張り詰めた空気が漂う女の園で、あせびはまだ見ぬ若宮への想いを募らせていく。

　　「思い出して、翅（はね）があったころのことを」　　1万2千年前の想いに応え、繋がったのは欠けたこころ。　　太陽と月と火星が出会うとき、新たな合体の調べが流れる──！　　湘南の海に浮かぶ小島、江の島。　　美しくのどかなその浜辺に、〈私立江ノ島学園〉はある。　　学園には、全国から優秀な子どもが集められ、　　最新の機器を使った英才教育が施されていた。　　特殊強化クラスの生徒〈エレメント〉に選ばれたサッコ、リミヤ、トシは、　　感情の力で動く戦闘機〈ベクターマシン〉の操縦を命じられ、　　謎の侵略兵器〈神話獣〉との戦いを余儀なくされる。　　戦いのさなか、不可思議なヴィジョンに導かれ、サッコは叫ぶ──。　　「想星合体！　GO、アクエリオン！」　　繰り返される輪廻の果てに、現れた機械天翅アクエリオン。　　宿命を背負った少年少女は、　　得体のしれない団体〈宇宙たまごの会〉や大人たちの思惑が交錯する中、　　この宇宙の真実と向き合っていくことになる……。　　これは、おのれの感情と宇宙の存亡を賭けて紡がれる、壮大な愛の神話。